کمتر گوهر یا کانی را می بینیم که ناپاکی و ناخالصی نداشته باشد، ناپاکی و ناخالصی از ورود اجسام خارجی به داخل گوهر و یا کانی و بی نظمی یا جابه جایی در ساختار کریستال یک گوهر به وجود می آید.
خیلی وقت ها این ناپاکی و ناخالصی در گوهر را باید با میکروسکوپ دید چون خیلی ریز و کوچک هستند. در واقع این نوع ناپاکی و ناخالصی چیز غیرطبیعی نیست و کاملاً جزیی از قانون های طبیعت است و این ناپاکی و ناخالصی ها خیلی به کارشناسان جواهر کمک می کند برای اینکه بدانند محل تشکیل کانی آن گوهر کجا بوده و حتی نوع جنس آن از چه چیزی است.
به این خاطر این موضوع ما دو مدل ناپاکی بیشتر نداریم: یک مدل ناخالصی هایی هستند که از جنس خود گوهر یا کانی است (مثل الماس در الماس) یا گاهی اوقات مثل این هستند که یک کریستال مهمانی داخل آن گوهر است (مثل زیرکن در یاقوت کبود)